Het geld voor goedgekeurde departementale projecten wordt opgenomen in de begroting van het departement dat het project heeft ingediend. Nadat het parlement de begroting heeft goedgekeurd kunnen de departementen de projecten financieren en uitvoeren. Hetzelfde geldt ook voor voorwaardelijke toekenningen en reserveringen waar een positief besluit over wordt genomen: het geld hiervoor wordt opgenomen in de begroting. Na goedkeuring van de begroting door het parlement kan het departement het geld besteden aan het project.
Voor de toegekende subsidieprojecten geldt dat de Rijksdienst voor Ondernemend Nederland een detailcontrole heeft uitgevoerd op onder andere de staatssteunregels en niet-subsidiabele kosten. Nadat duidelijk was op welk bedrag de subsidieprojecten aanspraak konden maken, hebben de aanvragers het definitieve subsidiebesluit ontvangen en konden zij starten met hun project. De subsidie wordt zoals gebruikelijk in fases beschikbaar gesteld, onder andere afhankelijk van de mijlpalen en voortgang van het project.